La Línea Instrumental de Actuación (LIA) agrupa al conjunto instrumentos que tienen la misión de responder a los objetivos formulados en la ENCYT y, por ende, a los objetivos planteados en el propio Plan Nacional.
El Plan contempla las siguientes líneas instrumentales de actuación, que se desarrollan a través de programas nacionales.
Línea instrumental de Recursos Humanos
Línea instrumental de Proyectos de I+D+I
Línea instrumental de Fortalecimiento Institucional
Línea instrumental de Infraestructuras Científicas y Tecnológicas
Línea instrumental de Utilización del Conocimiento y Transferencia Tecnológica
Línea instrumental de Articulación e Internacionalización del Sistema