La entrada en vigor de la Ley 13/1986, de 14 de abril, de Fomento y Coordinación General de la Investigación Científica y Técnica (comunmente llamada Ley de la Ciencia) y la creación de la Comisión Interministerial de ciencia y Tecnología (CICYT), impulsó la coordinación del esfuerzo público en materia de I+D y sentó las bases para la articulación de las iniciativas tanto públicas como privadas. Aprobado por primera vez en febrero de 1988, el Plan ha tenido un carácter deslizante, que ha permitido revisar sus objetivos y adaptarlos a la evolución del propio Sistema español de Ciencia-Tecnología-Empresa. Concebido para periodos cuatrianuales, sus dos fases iniciales pusieron especial énfasis en el fomento de la I+D en el sector púbico en España, en tanto que el III Plan 1996-1999 se orientó especialmente a la demanda socioeconómica.

Los programas del Plan 2000-2003 se articularon fundamentalmente en torno a tres ejes: en primer lugar las políticas de recursos humanos en I+D; seguidamente el apoyo a la investigación a través de los mecanismos tradicionales de ayudas, como los proyectos de investigación y desarrollo tecnológico y por último la financiación de infraestructuras que garanticen una mejora del funcionamiento y aprovechamiento de la inversión realizada, como las instalaciones científico-técnicas de tamaño mediano, las grandes instalaciones, los centros de competencia, etc. 

El Plan 2004-2007 recogió todas las necesidades y etapas de las actividades de I+D+I, desde la investigación básica no sometida a prioridades hasta las actividades de innovación tecnológica, con el fin de contribuir tanto a la generación de nuevo conocimiento como a la resolución de problemas concretos. 

El esfuerzo realizado desde la aprobación del primer Plan ha fortalecido notablemente el Sistema español de Ciencia-Tecnología-Empresa, elevando la capacidad del sistema público de I+D y su apertura a los sectores productivos.